Det används extremt mycket konstgödsel och olika typer av insekts- och ogräsbekämpningsmedel vid odling av bomull. Kemikalieanvändningen kan stå för upp till hälften av kostnaden vid odlingen. Statistik visar att bomull odlas på 2,4 % av världens odlingsarealer men kräver 11 % av världens bekämpningsmedel. Kemikalierna som används är inte bara dyra utan också skadliga för miljön och för de som arbetar på bomullsfälten.
Vid maskinell skörd är det viktigt att bomullsplantan först avlövas för att minska föroreningarna i bomullen. Till detta används på vissa håll avlövningsmedel av vilka en del är farliga för miljön och bomulls odlarna (t.ex. [[Agent Orange ]] som är ett nervgift som användes i Vietnamkriget). På vissa håll sker avlövning dock naturligt genom frosten.
=== Vattenanvändning ===